जेव्हा तृषा प्लेगमुळे मरण पावते तेव्हा तिचे पुनरुत्थान करण्याच्या प्रयत्नात बंधू मानवी संक्रमणाचे प्रतिबंधित किमिया तंत्र करतात. परिणामी, रक्तसंक्रमण बॅकफायर आणि समान विनिमयात कायद्याने डावा पाय आणि अल्फोन्सचा एडवर्डचा संपूर्ण शरीर नष्ट झाला. अ‍ॅडवर्डने अल्फोन्सच्या आत्म्याचा बचाव करण्यासाठी त्याचा उजवा हात गमावला, ज्याला आर्मरच्या सूटमध्ये रक्ताचा शिक्का असला पाहिजे. रॉय मस्टंग यांनी अ‍ॅडवर्डला अल्फोन्सचा मृतदेह स्टेट cheलकेमिस्टद्वारे संशोधन करण्यासाठी पुनर्संचयित करण्याची पद्धत होण्यासाठी आमंत्रित केले. एडवर्ड विजयी, त्याच्या कृत्रिम पोस्ट अवयव, फुलमेटल cheकेमिस्ट नुसार नाव होत.
तीन वर्षानंतर, ricsलरिक्स त्यांचे ध्येय साध्य करण्यासाठी पौराणिक तत्वज्ञानाचा दगड शोधतात. मार्कोह त्यांच्या नोटा त्यांच्याकडे पाठवण्याकरिता पाठवतात, परंतु ते खरोखरच दगड मानवी बलिदानाचे बनविण्यासाठी आवश्यक घटक शिकतात. मस्तांगचा मित्र, मेस ह्यूजेस त्यांच्या संशोधनावर चालत आहे, परंतु होमुन्कुलीची रणनीती शोधण्यासाठी वेशातील ईर्ष्याने त्याला गोळ्या घालून ठार मारण्यात आले.
इझुमीबरोबर पाहून, इलरिक्स शिकते मानवी रक्तसंक्रमण तिच्या जन्मलेल्या मुलावरच केले गेले. नकली होमुन्क्युलस लोभने अल्फोन्सला पकडले, परंतु meमेस्ट्रिसचे अध्यक्ष किंग ब्रॅडली यांनी ते जतन केले, ज्यांना होमिंगकुलस क्रोथ म्हणून काम केले आहे. लोभ अशा प्रकारे खाली वितळला जातो आणि होमुन्कुलीचा जन्मदाता फादर याच्या आत पुनर्बांधणी करतो. विनी आणि अ‍ॅल्रिक्स ह्यूजेस बरोबर जाण्यासाठी सेंट्रल सिटीला परतले परंतु त्यांचे निधन झाले. लेफ्टनंट मारिया रॉस यांना ह्यूजच्या हत्याकांडासाठी दोषी ठरविण्यात आले होते, परंतु मुस्तंगने हे उघडपणे ठार केले आहे. तरीही, एडवर्ड रॉसची निघून जाण्याची वेळ आली होती, म्हणूनच तिला मुस्तंगकडून अमेरिकेतून झिंग येथे तस्करी करता येईल, झिंगीज राजपुत्र लिंग याओने त्यांना मदत केली. होहेनहाइम पुन्हा एडवर्डने एकत्र आला परंतु निवासस्थानी त्याच्या लांब अनुपस्थितीमुळे त्याचा तिरस्कार केला.
कथन जसजसे पुढे होत जाईल तसतसे होमकुलीला मुख्य कथाही वारंवार येत आहे. मुस्तांगने वासनेला ठार मारले; मस्तंग आणि लिंगने खादाडी पकडली, परंतु तो संपविण्याऐवजी मत्सर त्याच्या अंत: करणात आणि एडवर्ड, लिंग सारख्या पोटात घेतो. खादाडी अल्फोन्सला वडिलांना भेटायला घेऊन जाते, परंतु दुसरे लोक खादाडीच्या पोटातून पळून जाताना लिंग अगदी योग्यपणे लोभचा सर्वात नवीन अवतार होतो. एलिरिक्स त्यांचा पाठपुरावा सुरू ठेवण्यासाठी सोडण्यात आले आहेत जर पित्याने त्यांना विरोध केला नाही.
ब्रिग्सच्या खाली भूमिगत बोगदा शोधून जनरल ऑलिव्हियर आर्मस्ट्राँगला फादर आणि अ‍ॅलरिक्स एक राष्ट्रीय रक्तसंक्रमण गट तयार करत आहेत आणि तेथील नागरिकांना देण्याचा त्यांचा हेतू आहे ज्यायोगे तो देवपणात जाऊ शकला. लोभाने फादर आणि त्याच्या आधीच्या आठवणींचा विश्वासघात केला, नंतर एकत्र येऊन, एडवर्ड, किंबली होहेनहेमचे चिमेरा मिनिन्स. तो नरक नाही, असे होहेनहेम वैयक्तिकरित्या आपल्या मुलांबद्दल खुलासा करते, चारशे वर्षांपूर्वी फादरच्या जिवंत फिलॉसॉफरच्या दगडात तो उजवीकडे वळला.
प्रॉमिस डे आला आणि वडील ग्रहण ग्रहण करीत आपली रणनीती सुरू करण्याची तयारी करतात आणि ज्याने त्याचे आवश्यक त्याग म्हणून मानव परिवर्तन करण्याचा प्रयत्न केला आहे. सर्व होमंकुली कालबाह्य होत असताना विविध नायक फादरच्या मिनिन्सशी संघर्ष करतात. सक्तीने मुस्तांग, तसेच एल्रिक्स, इझुमी, होहेनहेम यांना एकत्रित केल्याने कारण वडिलांनी राष्ट्रीय रूपांतरण सक्रिय केले. असे असले तरी, स्कार आणि होहेनहाइम प्रतिरोधकाद्वारे जतन करण्यासाठी meमेस्टरस सक्रिय करतात. वडिलांनी लोभाचा नाश केला आहे, जरी वडिलांना त्याच्या तत्त्वज्ञानाचा खडका खाली घालण्यासाठी लढा देण्यासाठी संघर्ष करावा लागला आहे.
अल्फोन्स, ज्याचा चिलखत सर्व काही पित्याच्या विरूद्ध शेवटच्या संघर्षामुळे उध्वस्त झाला आहे, तो उजवा बाहू परत मिळवण्याचा आत्मा देतो, ज्याने वडिलांच्या दगडाचा नाश केला आणि त्याला परत एडवर्डच्या सत्यतेच्या गेटकडे पाठविले. एडवर्डने आत्मा आणि अल्फोन्सचे शरीर परत मिळविण्यासाठी किमया करण्याचे सामर्थ्य गमावले. होहेनहेम ही थडगे पाहतो जिथे तिचा तृष्णा घेऊन मृत्यू होतो.
